1997年3月14日，第八届全国人民代表大会第五次会议通过《关于批准设立重庆直辖市的决定》，决定批准设立重庆直辖市，撤销原重庆市；重庆直辖市管辖原重庆市、万县市、涪陵市和黔江地区所辖行政区域。6月18日，重庆直辖市正式挂牌。

1998年，由广大重庆群众票选，经重庆市委、市政府通过，首届“振兴重庆争光贡献奖”设立。该奖是由重庆市委、市政府设立的全市最高综合性荣誉奖。

1999年5月23日，重庆市沙坪坝区西永镇（现重庆市高新区西永街道）中学初三年级三班女生陈渝，为救老人被列车挂成重伤。同年6月，共青团中央、全国学联授予陈渝“舍己救人优秀共青团员”称号。6月30日，教育部授予陈渝“见义勇为好学生”称号。

2000年12月16日，渝怀铁路开工建设，于2005年4月竣工，2007年4月18日全线开通货运和客运业务。作为西部大开发“2号”特大工程，渝怀铁路西起重庆市，东抵湖南省怀化市，全长624.523公里，被誉为重庆东南方向的“黄金路”。

2001年，近现代重要历史遗迹及代表性建筑重庆市渝中区桂园被公布为全国重点文物保护单位。

2002年1月，位于重庆市奉节县境内的瞿塘峡夔门摩崖题刻搬迁工程正式启动。12幅题刻将分别被切割安置、原地保护和翻模复制，人工复制品将保存于下游500米的另一处悬崖上。

2003年12月26日，重庆长寿至万州高速公路建成通车；同时，涪陵至秀山、万州至巫山、万州至城口3条国省道公路扩建工程完成初通。至此，“8小时重庆”建设工程全面通车。

2004年12月，家蚕基因组框架图相关论文在《科学》杂志上发表。这是我国科学家继完成人类基因组1%计划、水稻基因组计划之后，为人类贡献的第三大基因组成果。

2005年，6条小生命被突如其来的山洪围困，危急之下，时年48岁的忠县善广乡雨台村村民黄永明，冒死从激流中先救出了4个邻家孩子。当他准备救自己的女儿和孙女时，山洪无情，直接将两名至亲吞噬。

2006年5月10日至11日，重庆市科学技术大会召开，首次颁发重庆市科技突出贡献奖。中国工程院院士、第三军医大学（现陆军军医大学）教授程天民和中国工程院院士、重庆大学教授黄尚廉成为重庆市首届科技突出贡献奖获得者，各获奖励50万元。

继甘肃敦煌莫高窟后，重庆大足石刻成为中国第二处石窟类世界文化遗产，奠定“北敦煌，南大足”地位。世界遗产委员会全委会称大足石刻是人类天才的艺术杰作，代表了中国石刻艺术的最高水平。坚定文化自信，就是坚持走自己的路，当好文化自信的使者。2007年6月19日，重庆市委、市政府在重庆市人民大礼堂举行重庆直辖10周年庆祝大会。当天，重庆大足石刻艺术博物馆首任馆长郭相颖等128人被授予“重庆直辖10年建设功臣”称号。

2008年12月18日，重庆两路寸滩保税港区挂牌成立，2022年1月调整更名为“重庆两路果园港综合保税区”，规划面积6.49平方公里。这是我国内陆唯一的“水港+空港”一区双功能保税港区，开创了国内保税港区新模式。自此，重庆打开了与世界自由贸易之门，将自由贸易的便利化拉至中国版图的西部腹地。

2009年5月18日，历时近8年、耗资1.89亿元的重庆白鹤梁水下博物馆正式建成，标志着三峡工程文物保护工作基本完成。重庆白鹤梁水下博物馆是为保护因三峡水库蓄水被淹没的白鹤梁题刻而修建的博物馆。白鹤梁题刻记载了自唐迄今1200年间72个年份的水文资料以及历代文人墨客留下的3万余字诗文，是世界上已知时间最早、延续时间最长、数量最多的水文题刻，联合国教科文组织将其誉为“保存完好的世界唯一古代水文站”。

2010年，住房和城乡建设部将重庆列为全国五大中心城市之一。此后，重庆按照国家中心城市的定位，开始提升规划理念，转变规划重点，注重城市空间拓展与品质提升并重。

2011年3月19日，我国第一趟中欧班列（渝新欧）在重庆团结村站始发。这是一趟满载“重庆造”IT电子产品的国际班列，目的地是1万多公里外的德国杜伊斯堡。它的开行，让沿线国家互联互通、合作共赢。自此，列车的轰鸣声替代古代的驼铃响，沉睡的古丝绸之路开始苏醒。

2012年中国共产党第十八次全国代表大会召开，来自重庆市巫山县当阳乡红槽村的基层干部严克美作为党的十八大代表参加大会。

2000年，重庆日报刊发了丰都小女孩谷巧玲家庭困难的新闻，不久后，一位化名为“尹明”的读者就向报社寄去汇款，请报社代为转交谷巧玲。从2000年初第一次捐助开始，“尹明”总是每年两次通过该报转交助学款。截至2013年，尹明向报社寄去46笔善款，共计38600元，帮扶着6名身处困境中的孩子，13年从未间断。 重庆日报发起过多次大规模寻找“尹明”，却发现无论是地址还是姓名，都是虚构。“尹明”是谁？至今无人知晓。然而，“尹明”已成为重庆这座城市的爱心符号。在2013年度感动重庆人物颁奖名单中，13年来捐款不留真名的“尹明”获得特别奖。

2014年3月，涪陵页岩气田投入商业开发，成为川气东送管道重要气源之一。

2015年12月15日，长安品牌第100万辆乘用车下线，标志着长安成为我国首个乘用车年产量过百万的自主品牌。

立足重庆奋力打造新时代西部大开发重要战略支点、内陆开放综合枢纽“两大定位”，重庆果园港通向世界的门越打越开，它从一个“散杂货码头”成长为中国内陆最大的多式联运枢纽港。2016年1月4日，习近平总书记来到重庆两江新区果园港考察，看到港区已初具规模，称“这里大有希望”。

2017年，重庆市与越南、孟加拉国、老挝等国开展杂交水稻合作示范和技术推广，重庆品牌水稻在国外种植面积超过100万亩。

2018年2月18日，重庆市渝北区石船镇渝长东街十字路口，杨雪峰在疏导交通时遭遇暴力袭击，与持刀歹徒殊死搏斗，不幸壮烈牺牲。同年8月，中共中央宣传部追授他“时代楷模”称号。

2019年9月10日，农业农村部发布全国农业社会化服务首批20个典型案例。其中，由重庆市梁平区新农人农产品股份合作社创始人蒋丽英实践并提炼的代耕代种的服务模式——“全程保姆式托管让农民当‘甩手掌柜’”榜上有名，成为重庆唯一入选案例。

巴蜀文化是中华文化中一朵源远流长而又瑰丽多彩的奇葩，在成渝地区双城经济圈建设中，成渝两地正携手打造高品质生活宜居地。重庆中国三峡博物馆作为集合了巴渝文化、三峡文化、抗战文化、移民文化和城市文化的历史艺术类综合性博物馆，成为两地进一步携手推进文物保护的有力抓手。2020年11月18日，重庆中国三峡博物馆当选“巴蜀文化旅游走廊新地标”。

2020年12月31日，由重庆市人民政府主办，重庆市长江禁捕退捕工作领导小组办公室、江北区人民政府承办的长江流域重点水域十年禁渔全面启动活动（重庆分会场）在江北嘴执法船舶码头举行。自 2021年1月1日起，长江流域重点水域开始实行十年禁渔。

2022年夏天，重庆遭遇罕见高温天气。缙云山发生山火，前后燃烧了整整5天。在决战缙云山山火的那一夜，无数消防人员和志愿者在防火隔离带上筑起一道长约两公里的“灭火”长城，全力以赴守护家园。